手足口病是由肠道病毒引起的发热性、出疹性传染病，可通过注意个人卫生、养成良好饮食习惯、注意消杀、避免前往人多场所、接种疫苗等方式进行预防。
1、注意个人卫生：养成良好卫生习惯，饭前便后、外出后、接触不洁物品后要用肥皂水或洗手液冲洗，清扫厕所时应戴手套，清洗工作结束后应立即洗手。
2、养成良好饮食习惯：避免喝生水、吃生冷食物，建议吃充分加工煮熟的食物，喝开水。
3、注意消杀：玩具和常接触到的物品应定期进行清洁消毒，经常到室外晒太阳，紫外线可有效杀灭肠道病毒EV71型，家居物品，例如衣被等也要暴晒。
4、避免前往人多场所：疾病流行期间不宜到人群聚集、空气不流通的公共场所，例如超市、游乐园，注意保持家庭环境卫生，居室要经常通风。
5、接种疫苗：但目前疫苗只针对肠道病毒EV71型引起的手足口病，包括灭活疫苗、减毒活疫苗。
除上述措施外，各级疾病预防与控制中心收到医疗机构的疫情汇报后，应对患者发病全程追踪随访，并对身体健康情况跟踪调查，提出合理化建议。